Niemiecki obóz zagłady SS-Sonderkommando Sobibor powstał na przełomie kwietnia i maja 1942 r. jako drugi, po Bełżcu, ośrodek eksterminacji Żydów w ramach akcji „Reinhardt”. Decyzja o jego budowie zapadła prawdopodobnie pod koniec października 1941 r., w związku z planowaną zagładą Żydów na terenie Generalnego Gubernatorstwa oraz deportacją tysięcy Żydów ze Słowacji na teren dystryktu lubelskiego.
Przygotowania do budowy rozpoczęły się późną jesienią 1942 r., ale zasadnicze prace, wykonywane przez robotników przymusowych, przeprowadzono wiosną następnego roku. Obóz zorganizowano przy stacji kolejowej Sobibór, w lesie, który gwarantował odizolowanie tego miejsca od ewentualnych świadków.
Obóz ulokowano bezpośrednio przy linii kolejowej Lublin–Chełm–Włodawa, co umożliwiało sprawne doprowadzanie transportów. Na jego terenie, podzielonym początkowo na trzy części – zwane obozami, którym przypisano numery I, II i III – wzniesiono baraki dla załogi SS, strażników z formacji SS-Wachmannschaften, przeszkolonych w obozie w Trawnikach, oraz dla więźniów żydowskich. Znalazły się tam także magazyny na mienie odbierane przywożonym tu Żydom. W obozie III, całkowicie odseparowanym od pozostałej części kompleksu, wybudowano komorę gazową, w której, podobnie jak w SS-Sonderkommando Belzec, sprawcy uśmiercali ofiary za pomocą tlenku węgla produkowanego przez silnik benzynowy.
Obozem zarządzał komendant, któremu podlegała załoga złożona z funkcjonariuszy SS. Ogółem przez cały okres funkcjonowania tego ośrodka zagłady służyło w nim 30 Niemców i Austriaków oraz kompania wartownicza złożona ze 120–150 strażników – byłych jeńców sowieckich. Pierwszym komendantem był Franz Stangl, nadzorujący obóz od kwietnia do sierpnia 1942 r. Jego obowiązki przejął następnie Franz Reichleitner, który pozostał na stanowisku aż do likwidacji SS-Sonderkommando Sobibor.
Ze względu na prace remontowe prowadzone na linii kolejowej Lublin–Chełm, latem 1942 r. do obozu przybywały tylko nieliczne transporty. Wiele osób przywieziono furmankami, inne pędzono pieszo z pobliskich miejscowości. Ponowna intensyfikacja transportów kolejowych nastąpiła we wrześniu. Przybywały one w tym czasie przeważnie z części dystryktu lubelskiego. Razem z polskimi Żydami przywożono wówczas Żydów austriackich, czeskich, niemieckich i słowackich, których wcześniej osadzano w gettach tranzytowych na Lubelszczyźnie. Od początku 1943 r., w związku z zamknięciem obozu zagłady w Bełżcu, do Sobiboru skierowano transporty z dystryktu Galicja i kilka z krakowskiego. W tym czasie deportowano także ostatnich Żydów z niektórych miejscowości w dystrykcie lubelskim. Między marcem a końcem lipca do obozu przybyło 19 transportów z Holandii, którymi przywieziono 34 313 Żydów. W marcu trafiły tu 4 transporty z Francji. Wczesną jesienią 1943 r. do Sobiboru przyjechały ostatnie pociągi z deportowanymi z Wilna i Lidy, które przed wojną znajdowały się w granicach Polski, oraz z Mińska na Białorusi.
Po przybyciu do obozu wyselekcjonowani więźniowie żydowscy (około 500 mężczyzn i 100 kobiet) wyznaczeni byli do pracy: zajmowali się grzebaniem ciał zamordowanych, segregowali mienie zagrabione ofiarom, obsługiwali załogę esesmańską i wartowniczą. Wśród pracujących więźniów również przeprowadzano selekcje i część z nich skazywano na śmierć. Ich miejsce zajmowały osoby z nowych transportów.
W Sobiborze Niemcy rozpoczęli masowe uśmiercanie ofiar na początku maja 1942 r. Pierwsze komory gazowe zostały wybudowane na wzór tych funkcjonujących w obozie w Bełżcu. W drewnianym baraku wzniesionym na betonowo-kamiennym fundamencie wydzielono trzy pomieszczenia. Za komorami znajdowała się drewniana przybudówka, w której zainstalowano silnik, a wytwarzane przez niego spaliny wykorzystywano do uśmiercania ofiar. Między czerwcem a wrześniem 1942 r. komory gazowe zostały rozbudowane. Do istniejącej wówczas konstrukcji dobudowano kolejno cztery pomieszczenia z czerwonej cegły, posadowione na fundamencie betonowo-ceglanym. Oba budynki połączył wspólny korytarz. Po zaadaptowaniu również drewnianej przybudówki na pomieszczenie do gazowania nowa komora składała się z ośmiu cel. Według zeznań jednego z byłych esesmanów do komór miały być podłączone aż dwa silniki pompujące spaliny. Proces uśmiercania trwało około 20 minut.
Początkowo ciała zamordowanych składano w masowych grobach na terenie obozu III. Późną jesienią 1942 r. zapoczątkowano proces spalania zwłok, który trwał do końca funkcjonowania obozu. Ciała palono na rusztach z szyn kolejowych.
Pierwsze próby ucieczek podejmowano jeszcze w 1942 r. W nocy z 25 na 26 grudnia z obozu zbiegło 5 osób. Kolejna udana próba miała miejsce 23 lipca 1943 r., kiedy z komanda pracującego przy wyrębie drzew oddaliło się z powodzeniem 28 więźniów.
Nie wszystkie ucieczki kończyły się jednak sukcesem. Za wszelkie przejawy niesubordynacji Niemcy stosowali odpowiedzialność zbiorową. Próba opuszczenia obozu podjęta we wrześniu 1943 r. przez grupę holenderskich Żydów z komanda opróżniającego komory gazowe nie powiodła się ze względu na ujawnienie spisku. W konsekwencji rozstrzelano około 120 osób.
Latem 1943 r. wśród więźniów zawiązała się grupa planująca stawienie oporu władzom obozu na wypadek jego likwidacji. Przygotowania do buntu nabrały tempa, kiedy z jednego z transportów przybywających z Mińska Niemcy wyselekcjonowali grupę żydowskich jeńców sowieckich. Ich doświadczenie wojskowe dawało szansę powodzenia zbrojnego zrywu. Ruch oporu miał dwóch liderów – Lejbę (Leona) Feldhendlera, który reprezentował tzw. starych więźniów (przeważnie polskich Żydów), oraz Aleksandra Peczerskiego, stojącego na czele grupy jeńców sowieckich.
14 października 1943 r. w obozie wybuchło powstanie. Po zabiciu kilku członków SS oraz strażników licznej grupie więźniów udało się uciec. Wiele osób zginęło od kul oraz na polu minowym otaczającym obóz. Za zbiegami zorganizowano obławę, w wyniku której większość z nich została schwytana i rozstrzelana. Do końca wojny z grupy powstańców przeżyło 50 osób.
Udany bunt i ucieczka więźniów spowodowały, że Niemcy podjęli decyzję o całkowitej likwidacji SS-Sonderkommando Sobibor. Do prac przy rozbiórce zabudowań sprowadzili żydowskich więźniów z obozu w Treblince. Nadające się do ponownego wykorzystania materiały wywieziono. Komory gazowe wysadzono w powietrze i usunięto wszelkie pozostałości po nich. Teren byłego obozu obsadzono drzewami. Po zakończeniu prac grupę Żydów z Treblinki rozstrzelano.
Przyjmuje się, że w obozie zagłady w Sobiborze zostało zamordowanych 180 tys. Żydów. Ponad połowę ofiar stanowili Żydzi polscy. Pozostali to obywatele różnych państw europejskich okupowanych przez III Rzeszę. Nazwiska ofiar z zachodniej Europy były rejestrowane na listach transportowych, nie prowadzono natomiast wykazu osób przywiezionych z terenu Polski czy Białorusi, stąd też ta grupa ofiar pozostaje anonimowa.
